Le FC Gueugnon a connu une période plutôt tumultueuse dans les années 2000, alternant entre des hauts et des bas.
En 2000, le club a remporté la Coupe de la Ligue, en battant l'AS Monaco en finale. C'était une grande victoire pour le club, qui avait également terminé à la 5ème place de la Ligue 2 cette année-là.
Cependant, les saisons suivantes ont été plus difficiles pour le FC Gueugnon, qui a été relégué en National (le troisième échelon du football français) en 2004. Ils ont réussi à remonter immédiatement en Ligue 2 en 2005, mais ont à nouveau été relégués en 2007.
Le FC Gueugnon a connu une situation financière difficile au cours des années suivantes, ce qui a entraîné des difficultés sur le terrain. Ils ont été relégués en National en 2009, puis en CFA (le quatrième échelon du football français) en 2011, avant de finalement être liquidés en 2012.
C'est donc une période de hauts et de bas pour le FC Gueugnon dans les années 2000, avec des moments de réussite comme la victoire en Coupe de la Ligue, mais aussi des difficultés financières qui ont conduit à la relégation et finalement à la liquidation du club.
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